有脑血管瘤患者不适合喝咖啡，心脏病患者应喝不含或低咖啡因的咖啡，因为咖啡因会增快心跳速度而造成心脏缺氧。此外皮肤病患者及有胃病者应尽量少喝咖啡，才不致因过量而导致病情恶化。
糖尿病患者也要避免喝加入太多糖的咖啡，以免加重病情。美国食品及药物管理局（fda）曾发表声明，建议已经怀孕或可能怀孕的妇女减少咖啡因的摄取。因为孕妇在怀孕的第二期和第三期，代谢咖啡因的速度大约比未怀孕时快两倍，而且，咖啡因还会越过胎盘进入胎儿，或是通过母乳的哺育进入婴儿体内。
除此之外，许多研究并无法证明适量的咖啡因会对胎儿造成不利的影响，也没有医学报告禁止孕妇喝咖啡。在此仍建议孕妇及亲自哺乳妇女对咖啡因的摄取需较为谨慎。总之，如果发现自己喝咖啡后感到身体不适，就应暂时不要喝咖啡，然后再从减少摄入量、改变喝法等方式着手。