酵母菌不是分类学上的名词，而是一个习惯上的名称。现知酵母菌大约有39属、370余种，分属于子囊菌纲、担子菌纲和半知菌纲三个类群。
大多数酵母菌为单细胞，一般呈卵圆形、圆形或圆柱形，细胞宽约1～5微米，长约5～30微米。有些酵母菌的细胞连在一起形成链状，称为假菌丝。
酵母菌与霉菌同属真核微生物，细胞中有真正细胞核。细胞壁的主要成分为葡聚糖与甘露聚糖。
大多数酵母菌的菌落与细菌菌落相似，但较细菌菌落大而厚，菌落表面湿润、粘稠、容易挑起，菌落颜色多呈乳白色，只有少数为红色。