近日,中国热科院
生物所功能
基因组与分子育种研究团队开发了
木薯35 K
液相育种芯片,在木薯功能基因组研究与基因组选择育种方面具有重要意义,进一步提高了我国木薯育种的自主创新能力、/div>
木薯(Manihot esculenta)是大戟科木薯属植物,是全球三大重要薯类作物之一,具有耐干旱、耐贫瘠、高产等优良特性。开发一种低成本、高通量、高灵活性和高效率的基因分型平台,对于木薯功能基因组研究与基因组选择育种具有重要意义。单核苷酸多态性(SNP)芯片作为一种成熟的基因分型技术,可用于高通量检测基因组中的SNP位点。SNP芯片的优势包括高通量、精确性、可重复性和相对较低的成本。在农业领域,SNP芯片已广泛用于群体遗传学分析、遗传图谱构建、全基因组关联分析和品种权保护等、/div>
研究团队基于377份木薯种质全基因组SNP标记?980种代谢物QTL?3个田间农艺性状QTL等信息,筛选出基因组上高多态性、低缺失率、分布均匀?5369个SNP作为背景位点,性状紧密关联?86个SNP作为前景位点进行探针设计,成功研发出全球首款木薯液相育种芯片GenoBaits Cassava35K、/div>
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GenoBaits Cassava35K基因芯片在群体多样性分析、系统发育分析、全基因组关联分析中均具有较好的效果。基?03份代表性种质的芯片基因型数据和197份样本重测序数据的比较发现:?)GenoBaits Cassava35K芯片具有极高的平均位点检出率?9.5%)和基因组分布密度(平均空隙长度?.76 kb);?)遗传多样性分析表明,基于芯片与基于重测序数据的样本核苷酸多样性呈显著正相关;?)利用GenoBaits Cassava35K芯片进行多态性位点筛选,构建了木薯种质SNP指纹图谱,应用于木薯品种鉴定;(4)利?03份种质芯片基因型数据进行GWAS分析,检测到多个与先前重测序数据相同的显著关联位点。该芯片的研发将有助于缩短木薯育种周期,提升育种效率,进一步提高我国木薯育种的自主创新能力、/div>
相关研究成果以《GenoBaits Cassava35K: high-resolution multi-SNP arrays for genetic analysis and molecular breeding using targeted sequencing and liquid chip technology》为题发表于《Horticulture Research》。中国热带农业科学院热带生物技术研究所博士后李超超、助理研究员叶晓雪为论文共同第一作者,胡伟研究员为通讯作者。该研究得到了海南省重点研发计划、国家自然科学基金、热带作物生物育种全国重点实验室科研专项等支持、/div>
论文链接:https://academic.oup.com/hr/article/12/2/uhae305/8006185
日期9a href="//www.sqrdapp.com/news/2025-02-24.html">2025-02-24
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